| 天正10年1582 | 織田に攻められて武田氏退去。機を見て小笠原貞慶が入場し松本城と改名する |
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| 天正18年1590 | 豊臣秀吉の世となり、小笠原秀政を古河へ移封。代わって石川数正入封（約8万石） |
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| 天正19年1591 | 石川氏築城を始める。この頃古山地（箇山寺）御殿成る |
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| 文禄1年1592 | 文禄の役、石川数正・康長親子 名護屋へ出陣。数正没 |
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| 文禄2年1593 | 康長帰陣し、天守築造に着手する |
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| 文禄4年1595 | 宮村町武家屋敷および東町々人屋敷の家作始まる（この頃天守完成か） |
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| 慶長5年1600 | 関ヶ原合戦、康長は東軍に属す |
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| 慶長18年1613 | 石川康長改易、代って小笠原秀政が飯田から再入封（8万石） |
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| 元和1年1615 | 小笠原秀政・忠脩父子 大阪夏の陣で戦死 |
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| 元和3年1617 | 小笠原忠真 明石に移封、代って戸田康長 高崎から入封（7万石） |
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| 寛永10年1633 | 戸田康直 明石へ移封、代って松平直政 越前大野から入封（7万石） |
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| 寛永11年1634 | この頃 月見櫓・辰巳附櫓・八千俵蔵建つ |
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| 寛永13年1636 | 松本銭（寛永通宝）の鋳造始まる |
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| 寛永15年1638 | 松平直政 松江に移封、代って堀田正盛 川越から入封（10万石のうち7万石） |
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| 寛永19年1642 | 堀田正盛 佐倉へ移封、代って水野忠清 三州吉田から入封（7万石） |
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| 慶安2年1649 | 領内総検地始まる（終了は1652年） |
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| 貞享3年1686 | 加助騒動起こる、首謀者ら28名処刑 |
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| 享保6年1721 | 城下の初市に塩・飴を売る（飴市の始） |
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| 享保7年1722 | 『信府統記』の編纂始まる、完成は1724年 |
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| 享保10年1725 | 水野忠恒 江戸城内で刃傷事件を起こし改易 |
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| 享保11年1726 | 戸田光慈 鳥羽から入封（6万石） |
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| 享保12年1727 | 本丸御殿炎上 |
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| 寛保3年1743 | 幕領159村を預る（5万石余） |
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| 安永5年1776 | 中町から出火1000軒余を焼く（安永大火） |
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| 寛政5年1793 | 藩学崇教館設立 |
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| 文政8年1825 | 領内四カ庄に農民一揆起きる（赤蓑騒動） |
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| 天保12年1841 | 松本藩お家騒動戸田図書事件起きる |
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| 元治1年1864 | 水戸浪士と和田峠で戦う |
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| 慶応2年1866 | 第2回長州出兵、広島へ進む |
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| 慶応4年1868 | 戊辰戦争、東征軍に帰順し北越へ進む |
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